La stratégie développée au sein du projet Mélibio comprend trois objectifs interdépendants :
1- Reconnaître et répertorier les innovations mises en oeuvre par les éleveurs bio en termes de prairies à flore variée (PFV) et de cultures fourragères annuelles (CFA).
2- Produire les cadres théoriques pour analyser, modéliser, tester ces innovations, et proposer des outils pour organiser la diversité végétale fonctionnelle.
3- Traiter la co-production de connaissances comme une question de recherche à part entière pour produire des outils pour travailler ensemble, capitaliser, et restituer les connaissances et les savoir-faire ainsi co-construits et validés.

Le projet est organisé en tranche : la première tranche a eu lieu de mi 2011 à fin 2012 et la seconde de mi 2013 à fin 2015. Une troisième tranche débute au 1ier janvier 2016 pour s'achever au 31 décembre 2018.

La seconde tranche est centrée sur la validation de l'outil d'aide à la conception des mélanges prairiaux, Capflor, avec des essais.
La tranche 3 verra la finalisation de Capflor (outil et essais de validation), la capitalisation des résultats sur les conditions d'implantation des prairies à flore variée, un volet consacré à l'accompagnement de collectifs conseillers/agriculteurs autour des prairies à flore variée et la valorisation des résultats de Mélibio.